DNA分子链复制碱基对时可能出错，也即基因突变，几率约十亿分之一。以线粒体基因为例，有近1.7万个碱基对，那复制6万次将出现一个错误。从受精卵到产生卵子，细胞大概分裂50次，假设平均生育年龄为20岁，那线粒体基因出现一个突变要两万多年。因此，与原基因相比，错误的碱基对个数能用来推算某基因出现的时点。如果原基因未知，就用现存基因之间的位点差异推算。这就是非洲起源说的基因学原理。通过Y染色体基因突变研究人类迁徙，道理一样。但效果远不如前者，因为一者，分子链太长，一代就会突变，测序也更难；二者，Y染色体散播受社会因素影响，可以指数扩张。不过，这套基因测时理论，明显还有漏洞。

第一，基因突变几率恒定吗？是否受环境影响？比如，非洲现在或者曾经的环境能加快基因突变。

第二，从受精卵到产生卵子，细胞的分裂次数固定，但其周期，也即生育年龄，却有不同。生育早意味着细胞的分裂频率提高，那么非洲女人是否性成熟较早，生育较早？

第三，突变多种多样，需要人口来容纳，而非洲土地肥沃，是否早期更容易维持旺盛人口，储存突变？

第四，突变可能改变性状，只有适合环境的才容易留存，所以，同样的突变在不同环境，效果不同，进而影响留存几率。现在，人类主导世界，生存能力大大增强，有措施弥补基因缺点。比如，不耐寒，可以通过供暖在寒冷地区生存。但在早期，不耐寒突变或许只能在暖热地带留存。可见，适宜的环境更容易容纳突变。

非洲起源说又推算了夏娃出现的年代，认为现代人类的线粒体都来自夏娃。难道在夏娃的时代，没有其他女人？这些女人也会生娃，将线粒体延续下去。如果没有，只有两种解释。一是，夏娃时代的其他女性不能称为人，他们的后代另有进化之路，比如成了猩猩、猴子。不过，人类与其他灵长类分道扬镳，远比这早。二是，这些线粒体有缺陷，逐渐被生存竞争淘汰。这无异于说，夏娃的线粒体才是完美的。也即，所有基因突变都不利，只有不突变，少突变的才优秀，而携带过多突变的个体，要么被淘汰，要么就得主动迁徙，远离竞争之地。这样，反倒在人类起源之地，线粒体基因更加纯粹。

非洲起源说还推算了亚当出现的年代。女人一辈子孩子有限，即使世代公主女皇，也只能慢慢生。况且，女人从未持续主导过世界。就是母系社会，也不是基于权力。大概是男人播种后就一走了之，使得人们只知其母，不知其父。男人则不同，占有强权，就能迅速把Y染色体扩散出去。典型的就是历代王朝，比如两汉，四百年就让刘氏从小姓变成大姓。不过，即便如此，也不可能在亚当一脉掌权时，其他男人都不留种。除非在人种进化之初，要是人种形成后，扩散开来，还能如此，那这个亚当真够强悍的，可谓神父。所以，还是要考虑Y染色体缺陷。